Mặc dù vậy, đến trước năm 1989, Hội An mới chỉ được các nhà khoa học, nghiên cứu biết đến là một đô thị thương cảng với quần thể di tích kiến trúc độc đáo, Hội An dưới lòng đất, hay nói cụ thể hơn là Hội An thời kỳ Tiền - Sơ sử, Chăm sớm vẫn còn là dấu chấm hỏi. Mùa điền dã khảo cổ học năm 1989 của các cán bộ chuyên môn thuộc Trung tâm Văn hóa Việt Nam - Đại học Tổng hợp Hà Nội (nay là trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn - Đại học Quốc gia Hà Nội) và Ban Quản lý Di tích và Dịch vụ Du lịch Hội An (nay là Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản Văn hóa Hội An) là mốc dấu quan trọng đối với công tác nghiên cứu khảo cổ ở Hội An. Ba di tích đầu tiên ở Hội An thuộc nền Văn hóa Sa Huỳnh (cách nay trên 2000 năm) là An Bang, Hậu Xá, Thanh Chiếm được phát hiện, trang sách đất Hội An bắt đầu  được lật mở. Từ sau hội thảo khoa học quốc tế về Đô thị cổ Hội An vào năm 1990, công tác nghiên cứu khảo cổ học ở Hội An được triển khai mở rộng và theo chiều sâu, trong đó đặc biệt là nghiên cứu về Văn hóa Sa Huỳnh. Dự án “Khai quật khảo cổ học về di tích Văn hóa mộ chum Sa Huỳnh ở thị xã Hội An” do TOYOTA FOUNDATION tài trợ thực hiện từ năm 1993 - 1995 đã phát hiện nhiều dấu tích, di tích Văn hóa Sa Huỳnh trên mảnh đất Hội An. Từ kết quả thực hiện dự án, các nhà khảo cổ đã nhận định Hội An là địa phương có mật độ phân bố di tích Văn hóa Sa Huỳnh dày đặc, bộ sưu tập hiện vật Văn hóa Sa Huỳnh khai quật được ở đây không chỉ phong phú về số lượng, đa dạng về loại hình mà còn có giá trị rất quý về mặt nghiên cứu khoa học, chứng minh rằng cách đây 2000 năm, Hội An đã là một “cảng thị sơ khai” có mối quan hệ giao lưu với cả khu vực Đông Nam Á, Nam Ấn Độ và Trung Hoa. Nhằm trưng bày giới thiệu bộ sưu tập hiện vật quý này đến với công chúng để qua đó hiểu hơn về bề dày lịch sử - văn hóa của Hội An, cũng thông qua dự án “Khai quật khảo cổ học về di tích Văn hóa mộ chum Sa Huỳnh ở thị xã Hội An”, Bảo tàng Văn hóa Sa Huỳnh ở Hội An được thành lập vào năm 1994.

      Bảo tàng Văn hóa Sa Huỳnh Hội An tọa lạc tại số 149 Trần Phú, cách Chùa Cầu 50m về phía Đông. Bảo tàng hiện trưng bày hơn 900 hiện vật bằng nhiều chất liệu khác nhau. Nội dung trưng bày gồm:

      - Giới thiệu các di tích khảo cổ Tiền Sa Huỳnh, Sa Huỳnh và Chămpa sớm ở Hội An: 

      *Di tích Bãi Ông: Phân bố tại Bãi Ông - Cù Lao Chàm, xã đảo Tân Hiệp. Được phát hiện đào thám sát tháng 5/1999; khai quật tháng 6/2000 (25m2). Tại di tích này, các nhà khảo cổ học đã phát hiện được khá nhiều hiện vật gốm thô (đất nung), hiện vật đá, công cụ mài như rìu tứ giác ngắn, rìu có vai, lưỡi ghè, bàn mài nhiều loại; công cụ từ chất liệu cuội: Hòn kê, chày, hòn đập, bàn nghiền, dụng cụ miết gốm, chì lưới;... hoặc răng hàm cá, kim bằng xương, mảnh nhuyễn thể, hạt cây, than tro... Chúng được nằm trong tầng văn hóa ổn định, có niên đại xác định bằng phương pháp các-bon phóng xạ qua mẫu than (C14): 3.100 ± 60BP (tức là cách ngày nay khoảng hơn 3.000 năm). Di tích được xếp hạng cấp quốc gia năm 2006.

      *Di tích An Bang: Phân bố tại khối An Bang, phường Thanh Hà (tọa độ: 15052’57’’ vĩ Bắc, 108018’30’’ kinh Đông). Được phát hiện, đào thám sát tháng 7/1989 (30m2); khai quật tháng 5/1995 (26m2). Tại di tích đã phát hiện được một số lượng lớn các mộ chum, cùng các hiện vật đồ gốm gia dụng, đồ minh khí, đồ trang sức bằng thủy tinh, đá. Qua đặc điểm phân bố hiện vật cho thấy táng tục, táng thức của cư dân Sa Huỳnh tại địa điểm này có nhiều điểm tương đồng với di tích Hậu Xá. Di tích có niên đại C14 là: 2260 năm ± 90BP (cách ngày nay). Di tích được xếp hạng cấp tỉnh năm 2005.

      *Di tích Thanh Chiếm: Phân bố tại khối Thanh Chiếm, phường Thanh Hà (tọa độ: 15052’58’’ vĩ Bắc, 108018’36’’ kinh Đông). Được phát hiện, đào thám sát tháng 7/1989, khai quật tháng 8 năm 2019 (với tổng diện tích là 30,5m2). Hiện vật phát hiện được trong di tích có chum gốm và đồ gốm gia dụng, minh khí, dụng cụ và vũ khí bằng sắt, đồ trang sức bằng mã não, thủy tinh, đá thuộc văn hóa Sa Huỳnh, gốm Chăm và gốm sứ Trung Quốc (lò Phúc Kiến, Quảng Đông, Cảnh Đức Trấn...); Nhật Bản (lò Hizen); gốm đất nung Thanh Hà (Hội An). Di tích chứng minh về mật độ cư trú đông đảo của cư dân Sa Huỳnh ở Hội An. Với sự góp mặt của gốm sứ nhiều thời đại đã chứng tỏ từ rất sớm tại nơi đây là vùng bến sông có cư dân sinh sống và giao lưu buôn bán phát triển từ thế kỷ I đến thế kỷ XVII, XVIII Công nguyên.

      *Di tích Hậu Xá II: Phân bố tại khối Hậu Xá, phường Thanh Hà, (tọa độ: 15052’75’’ vĩ Bắc, 108018’99’’ kinh Đông). Được phát hiện, đào thám sát tháng 10/1993 (11m2) và khai quật tháng 5/1994 (32m2). Di chỉ có mật độ phân bố mộ chum dày, kiểu dáng phong phú, đồ tùy táng nhiều loại hình. Đặc biệt, phát hiện được xương động vật, răng trẻ em và dạng táng bằng chum lồng. Ngoài ra, còn tìm thấy được tiền Ngũ Thù, Vương Mãng đời Hán - Trung Quốc. Qua đó thể hiện cư dân Sa Huỳnh tại đây có nhiều táng tục đặc biệt, giao lưu thương mại rộng rãi với văn hóa Trung Hoa cùng thời. Di tích có niên đại C14 là: 2040 năm ± 60BP (cách ngày nay). Di tích được xếp hạng cấp tỉnh năm 2008.

      *Di tích Hậu Xá I: Phân bố tại khối Hậu Xá, phường Thanh Hà, (tọa độ: 15053’05’’ vĩ Bắc; 108019’01’’ kinh Đông). Được phát hiện, đào thám sát các năm 1989, 1990, 1993 và khai quật năm 1994,1995 với tổng diện tích là 70,5m2.  Di tích bao gồm khu mộ táng và khu cư trú. Hiện vật tìm thấy là bộ sưu tập đồ công cụ sản xuất bằng sắt, đồ tùy táng có số lượng lớn, phong phú về loại hình, chất liệu, kiểu dáng, đặc biệt là gốm dân dụng và đồ trang sức chất liệu quý. Vấn đề đáng lưu ý là hiện tượng đập vỡ đồ gốm trước khi chôn trong phong tục mai táng của cư dân Sa Huỳnh. Dựa vào đặc điểm hiện vật có thể kết luận di tích có niên đại cách ngày nay 2000 năm. Di tích được xếp hạng cấp tỉnh năm 2008.

      *Di tích Xuân Lâm: Phân bố tại khối Xuân Lâm, phường Cẩm Phô (tọa độ: 15052’51’’ vĩ Bắc; 108019’39’’ kinh Đông). Được phát hiện, khai quật tháng 3/1995 (13,5m2).  Hiện vật tìm thấy bao gồm: mộ chum, đồ gốm gia dụng, minh khí, đồ trang sức đá, thủy tinh và bộ sưu tập về công cụ sản xuất bằng sắt. Riêng bộ công cụ sắt cho thấy rõ dấu ấn sinh hoạt trong môi trường sống ven sông cận biển của chủ nhân di tích mộ táng Xuân Lâm ở Hội An. Di tích có niên đại cách ngày nay 2000 năm.

      *Di tích Đồng Nà: Phân bố tại thôn Đồng Nà, xã Cẩm Hà (tọa độ: 15054’17’’ vĩ Bắc, 108019’16’’ kinh Đông). Được phát hiện, đào thám sát tháng 6/1994 (14m2); khai quật tháng 6/1994 (4m2). Di tích có tầng văn hóa mỏng nhưng kết cấu ổn định, hiện vật đồng nhất. Bộ sưu tập hiện vật gốm có nhiều điểm giống gốm ở di tích Trà Kiệu, Hậu Xá I, đồng thời có biểu hiện diễn biến về chất liệu, kỹ thuật gốm hơi thô sang mịn, Niên đại di tích từ thế kỷ I đến thế kỷ III, IV Công nguyên.

      *Di tích Ruộng Đồng Cao: Phân bố tại khối Lâm Sa, phường Cẩm Phô (tọa độ: 15052’98’’ vĩ Bắc; 108019’13’’ kinh Đông). Được phát hiện, đào thám sát tháng 5/1998 và tháng 8/2009, khai quật 9/2018 với tổng diện tích 34m2. Hiện vật phổ biến trong di tích là gốm gia dụng, gạch, chất liệu gốm hơi mịn, đồ án trang trí chủ yếu là hoa văn ô vuông thời Hán. Ngoài ra, còn có những hạt chuỗi thủy tinh, đĩa đồng thời Hán. Tầng văn hóa mỏng, khá đồng nhất. Dựa vào vị trí địa lý, địa tầng cho thấy nơi đây là nơi cư trú, giao lưu buôn bán bên thềm sông cổ của cư dân Champa vào khoảng thế kỷ III, IV Công nguyên.

      *Di tích Trảng Sỏi: Phân bố tại khối Hòa Yên, phường Thanh Hà (tọa độ: 15053’06’’ vĩ Bắc; 108017’51’’ kinh Đông). Được phát hiện, đào thám sát tháng 11/1994 (12m2). Hiện vật trong di tích có sự diễn biến ổn định từ sớm đến muộn ở hai tầng văn hóa và không có sự khác biệt về địa tầng. Tầng văn hóa I tập trung nhiều đồ gốm, sứ, bán sứ Trung Quốc (thời Đường), Islam, Việt Nam. Tầng văn hóa II có nhiều gốm Chăm thô, hơi thô. Qua vị trí địa lý và sự phân bố hiện vật trong di tích cho thấy đây là điểm tụ cư, buôn bán ven sông thời kỳ Champa từ thế kỷ III - IV đến thế kỷ XIII - XIV Công nguyên. Di tích được xếp hạng cấp tỉnh năm 2005.

      *Di tích Lăng Bà: Phân bố tại thôn Võng Nhi, xã Cẩm Thanh. Di tích được phát hiện, đào thám sát và khai quật vào các tháng 7/1989, 10/1993 với tổng diện tích là 28m2. Tầng văn hóa dày 40-100cm. Kết quả các đợt thám sát, khai quật khảo cổ đã thu được một số lượng hiện vật khá lớn với nhiều chủng loại: Lớp dưới với nhiều gốm thô, hơi thô niên đại thế kỷ III, IV (thuộc thời kỳ Sa Huỳnh muộn Champa sớm). Lớp trên có gốm - sứ Champa, Việt Nam, Trung Quốc, Trung Cận Đông... khung niên đại từ thế kỷ IX-X đến XIV-XVIII. Ngoài ra còn phát hiện thêm ở khu vực này dấu vết của 2 công trình kiến trúc Champa khá lớn. Từ những kết quả khảo cổ có thể khẳng định rằng: đã có dấu vết cư dân tiền Champa tại vùng đất này. Dưới thời Champa, đây từng là một bến - bãi tàu, thuyền - nơi dừng đậu, trao đổi, giao lưu hàng hóa, sản vật (nhất là gốm - sứ) khá tấp nập, phồn thịnh, và vị trí này tiếp tục được người Việt kế thừa, phát triển trong các thế kỷ XVI-XVIII, khi Đô thị - Thương cảng Hội An ở vào thời kỳ hưng thịnh.

      - Giới thiệu táng tục của cư dân Sa Huỳnh Hội An

      Qua đặc điểm di tích và di vật cho thấy nét đặc trưng trong táng tục của Cư dân Sa Huỳnh ở Hội An là thường chọn gò cát cao ven sông để làm khu mộ táng. Mộ chum được chôn thành từng cụm từ 2 đến 4 chum, các chum không xếp chồng lên nhau. Mộ chum chủ yếu là chum đơn, duy nhất tại Hậu Xá II phát hiện 2 chum lồng vào nhau. Phần lớn bên ngoài, dưới đáy chum lót lớp đá. Một số mộ chum có than củi xung quanh chum. Than tro, răng trẻ em và xương động vật được tìm thấy trong đáy chum. Biên mộ là cát trắng hoặc có những lỗ cát trắng tròn; nắp chum gắn với miệng chum bởi lớp nhựa thực vật. Mặc dù có đủ 3 loại hình là chum hình trứng, hình trụ và hình cầu nhưng giữa các địa điểm có sự khác nhau. Nếu ở Hậu Xá I có đủ 3 loại hình thì ở Hậu Xá II, Xuân Lâm chỉ có loại chum hình trụ và hình nồi, An Bang chỉ có chum hình trụ. Về loại chum hình trụ, trong khi ở An Bang chủ yếu chum hình trụ không vai thì ở Hậu Xá I chỉ toàn chum hình trụ có vai.

      Đồ tùy táng chôn theo người quá cố rất đa dạng về chất liệu, loại hình, chức năng sử dụng, được đặt ở bên trong hoặc xung quanh chum, riêng đồ sắt chỉ đặt bên trong chum và là đồ sinh hoạt qua sử dụng. Đồ tùy táng giữa các khu mộ táng có sự khác biệt về loại hình, chất liệu. Ở Hậu Xá II chủ yếu nồi gốm minh khí, Hậu Xá I chủ yếu nồi gốm sinh hoạt, An Bang có cả nồi gốm minh khí và sinh hoạt. Đồ gốm sinh hoạt đã sử dụng đều bị đập vỡ khi chôn. Trong khi Hậu Xá I phong phú về loại hình đồ gốm như bát, đèn, cốc, bát bồng, bình con tiện, đĩa,… thì ở Hậu Xá II lại phong phú về đồ trang sức với loại hình khuyên tai ba mấu, hình vành khăn, vòng đeo tay, hạt chuỗi bằng đá quý, thủy tinh, kim loại.

      - Giới thiệu các bộ sưu tập hiện vật khai quật được tại các di tích Văn hóa Sa Huỳnh ở Hội An

      *Chum mộ và nắp chum: Qua các lần đào thám sát và khai quật các di tích Văn hóa Sa Huỳnh ở Hội An đã phát hiện ít nhất 73 chum mộ bằng gốm (quan tài chum) với đầy đủ 3 loại hình chủ yếu của chum mộ Văn hóa Sa Huỳnh, gồm loại hình trứng, hình trụ, hình nồi. Chum hình trứng có dáng thân hình quả trứng dài, đáy to, miệng nhỏ hơi loe và không gờ, từ vai trở xuống trang trí văn thừng; chum hình trụ gồm, kiểu có vai với dáng thân hình trụ tương đối đều, miệng loe, không gờ miệng, cổ eo, vai gãy, hông phình, đáy tròn, toàn thân hoặc từ vai xuống đáy trang trí văn thừng, kiểu không vai có dáng thân hình trụ, đáy tròn to, hơi thon dần về miệng, miệng loe, vành miệng không có hoặc có gờ và 4 cặp lỗ tròn nằm cách đều hay 2 lỗ tròn nằm đối xứng, thân trang trí văn thừng; chum hình nồi có miệng loe gãy ra ngoài, không gờ miệng, hông phình, đáy tròn, thân trang trí văn thừng hoặc văn chải trên nền thừng. Ngoài ra còn có 01 chum hình cầu với vành miệng đứng, đáy bằng, có hai quai nhỏ và ba đường chỉ chìm trên vai, trang trí văn in hình thoi. Nắp chum có hai loại, loại hình nón cụt có tô thổ hoàng, ánh chì, có hoặc không trang trí văn khắc vạch, chấm dải, và loại hình lồng bàn úp không trang trí hoa văn.

      Hiện tại bảo tàng trưng bày đầy đủ các loại hình chum mộ và nắp chum với các đặc điểm được đề cập ở trên.