Sự đa dạng nguồn lợi thủy sản khu biển, đảo Cù Lao Chàm là đề tài của nhiều mô hình, dự án nghiên cứu ứng dụng ở Hội An
Đối với cấp thành phố, Hội An đã thực hiện 4 đề tài là: điều tra thành phần loài, phân bố, sinh thái, hiện trạng khai thác và xây dựng mô hình đồng quản lý nguồn lợi tôm hùm, ốc vú nàng tại Cù Lao Chàm; thực trạng môi trường nuôi trồng thủy sản TP.Hội An và giải pháp giảm thiểu ô nhiễm; điều tra thành phần loài, vùng phân bố, kích thước quần thể, hiện trạng khai thác và xây dựng giải pháp bảo vệ giống Trai tai tượng và Bàn mai tại Khu BTB Cù Lao Chàm; nghiên cứu hiện trạng và đề xuất giải pháp khai thác, phát triển bền vững chim yến đảo tại Cù Lao Chàm.
Nhờ ứng dụng tiến bộ kỹ thuật với nuôi xen ghép nên một số mô hình nuôi trồng thủy sản ở Hội An mang lại hiệu quả cao
Trên lĩnh vực khai thác thủy sản, một số đề tài, dự án có ý nghĩa khoa học và thực tiễn cao đã góp phần phát triển bền vững nguồn tài nguyên thuỷ sản như: phục hồi và bảo tồn rùa biển tại Khu bảo tồn biển Cù lao Chàm; nghiên cứu và đề xuất giải pháp cứu hộ chim yến đảo tại Cù Lao Chàm; nghiên cứu ứng dụng kỹ thuật ấp trứng và nuôi nhân tạo chim yến tại đảo Cù Lao Chàm. Công tác ứng dụng các trang thiết bị hàng hải, phương tiện thông tin liên lạc trên biển góp phần nâng cao khả năng dự báo ngư trường và đảm bảo an toàn cho người và phương tiện nghề cá.
Trong nuôi trồng thủy sản, các mô hình: nuôi cá thác lác cườm trong bể xi măng, nuôi tôm càng xanh, nuôi cua thương phẩm từ cua bột trong ao… nhờ ứng dụng tiến bộ kỹ thuật với nuôi xen ghép đã mang lại hiệu quả cao.